Počet záznamů: 1  

Reference simulations of noncanonical nucleic acids with different chí variants of the AMBER force field: Quadruplex DNA, quadruplex RNA, and Z-DNA

  1. 1.
    0379846 - BFÚ 2013 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
    Krepl, Miroslav - Zgarbová, M. - Stadlbauer, Petr - Otyepka, M. - Banáš, P. - Koča, J. - Cheatham III, T.E. - Jurečka, P. - Šponer, Jiří
    Reference simulations of noncanonical nucleic acids with different chí variants of the AMBER force field: Quadruplex DNA, quadruplex RNA, and Z-DNA.
    Journal of Chemical Theory and Computation. Roč. 8, č. 7 (2012), s. 2506-2520. ISSN 1549-9618. E-ISSN 1549-9626
    Grant CEP: GA ČR(CZ) GD203/09/H046; GA ČR(CZ) GA203/09/1476; GA ČR(CZ) GAP208/11/1822; GA ČR(CZ) GBP305/12/G034
    Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040702
    Klíčová slova: refinement of empirical force fields * DNA * Z-DNA backbone
    Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
    Impakt faktor: 5.389, rok: 2012

    We analyze four systems that we suggest should be included in standard portfolio of molecules to test nucleic acids force fields. We highlight parameters that should be monitored to assess the force field performance. Four versions of the Cornell et al. AMBER force field, different water models and ion conditions were tested. While improvement for DNA quadruplexes is visible, the force fields still do not fully reproduce the intricate Z-DNA backbone conformation.
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0215383

     
     
Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.