0338930 - FGÚ 2010 RIV CZ cze L4 - Software
Michálek, Jan - Čapek, Martin - Janáček, Jiří - Kubínová, Lucie
Softwarová implementace kompenzace jasových nehomogenit mikroskopických obrazů v ploše, využívající horní Lipschitzův obal.
[Software Implementation of Compensation of Illumination Inhomogeneities of Microscopic Images, Using the Upper Lipschitz Cover.]
Interní kód: PlaneBrightnessAdjusting ; 2009
Technické parametry: Programovací jazyk C++, vývojové prostředí MS Visual Studio 2008

Grant CEP: GA ČR(CZ) GA102/08/0691; GA MŠMT(CZ) LC06063
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50110509
Klíčová slova: iIllumination inhomogeneities * confocal microscope * Lipschitz cover
Kód oboru RIV: JC - Počítačový hardware a software

Fluorescenční obrazy nasnímané konfokální laserovou rastrovací mikroskopií (CLSM) z různých hloubek biologického vzorku jsou často používány na 3D rekonstrukci biologického objemu.V ideálním případě, konfokální obrázek regionu odpovídající stejné koncentraci fluoreskujícího barviva ve vzorku by měl být mapován na stejné úrovně šedi. V praxi se bohužel ani ideálně homogenní vzorky, jako jsou kalibrační mřížky, nevyhnou ztmavnutí obrazu hran, jasovému zvýraznění centra atd. Účinky jsou ještě výraznější u obrazů reálných biologických vzorků. Naše řešení problému se opírá o odhad zisku prostorové proměnné, která modeluje nepříznivé účinky nerovnoměrného osvětlení a o opravu obrázku převrácením odhadu hodnoty zisku. Navrhovaný přístup využívá rychlou implementaci morfologické operace s názvem Lipschitzův horní obal. Odpovídající zásuvný programový modul byl implementován pro modulární balík software Ellipse

Series of stacks of fluorescent images captured by a confocal laser scanning microscope (CLSM) from different depths of a biological specimen are often used, e.g., to produce 3D representation of the underlying biological volume. Ideally, CLSM image regions corresponding to the same concentration of fluorescent dye in the specimen should be mapped to the same greyscale levels. In practice, unfortunately, even ideally homogeneous specimens like artificial calibration grids exhibit darkening of image edges, lightening of the centre etc. Our solution to the problem relies on estimating a spatially variable gain which models the adverse effects of uneven illumination, and correcting images by inverting the estimated gain. The proposed approach exploits fast implementation of a morphological operation called the upper Lipschitz cover. A corresponding plug-in module was implemented for the modular Ellipse software package
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0182580