Using Matlab in quantitative analysis of yeast growth

0332092 - ÚTIA 2010 RIV CZ eng K - Konferenční příspěvek (tuzemská konf.)
Schier, Jan - Kovář, Bohumil
Using Matlab in quantitative analysis of yeast growth.
[Použití Matlabu pro kvantitativní analýzu růstu kvasinek.]
Technical Computing Prague 2009. Praha: Humusoft, s.r.o, 2009, s. 1-9. ISBN 978-80-7080-733-0.
[Technical Computing Prague 2009. Praha (CZ), 19.11.2009]
Grant CEP: GA MŠMT(CZ) 1M0567
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z10750506
Klíčová slova: image processing * Petri dish * Matlab * image segmentation
Kód oboru RIV: JC - Počítačový hardware a software
http://library.utia.cas.cz/separaty/2009/ZS/schier-using matlab in quantitative analysis of yeast growth.pdf

Quantitative growth analysis is used in microbiology, genetics and medical re- search to determine the in uence of the tested substance on the growth of colonies of some organism (we focus on yeast colonies in this paper). Examples of the tested substance include antibiotics, mutagens or medical drugs. To evaluate the experiment, time series of images of the colonies inoculated on Petri dishes are taken by digital camera in a darkroom. Then, relative area and the number of the colonies in each image have to be determined for further statistical processing. In the current laboratory practice, these parameters have often been hand-counted in each image, which is an error-prone process of a limited precision. Also, given the time demands of this hand-counting, the number of snapshots that can reasonably be processed is rather limited. In this paper, we introduce a Matlab-based tool for semi-automated processing of the dish images.

Kvantitativní analýza růstu se používá v mikrobiologii, genetice a medicínském výzkumu pro určení vlivu testované látky na růst kolonií určitého organismu (v našem článku se zabýváme koloniemi kvasinek). Jako příklady testované látky lze uvést antibiotika, mutageny, nebo léčiva. Pro vyhodnocení experimentu jsou kolonie, naočkované na Petriho misky, snímány digitální kamerou v temné komoře. Pro každý snímek je poté třeba určit pro následné statistické vyhodnocení relativní plochu porostu a celkový počet kolonií. V současné laboratorní praxi jsou tyto parametry často získávány ručním počítáním, což je proces s omezenou přesností a vysokou chybovostí. Rovněž, s ohledem na časovou náročnost ručního počítání, je omezené množství snímků, které lze rozumně zpracovat. V našem článku popisujeme nástroj pro poloautomatické počítání snímků misek, vytvořený v programovacím jazyku Matlab.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0177438