Volume reconstruction of large tissue specimens from serial physical sections using confocal microscopy and correction of cutting deformations by elastic registration

0323668 - FGÚ 2009 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Čapek, Martin - Brůža, Petr - Janáček, Jiří - Karen, Petr - Kubínová, Lucie - Vagnerová, R.
Volume reconstruction of large tissue specimens from serial physical sections using confocal microscopy and correction of cutting deformations by elastic registration.
[Objemová rekonstrukce velkých biologických tkáňových vzorků ze sériových fyzických řezů s použitím konfokální mikroskopie a korekce deformací elastickou deformací.]
Microscopy Research and Technique. Roč. 72, č. 2 (2009), s. 110-119. ISSN 1059-910X. E-ISSN 1097-0029
Grant CEP: GA AV ČR(CZ) IAA100110502; GA AV ČR(CZ) IAA500200510; GA ČR(CZ) GA102/08/0691; GA MŠMT(CZ) LC06063
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50110509
Klíčová slova: 3D reconstruction * elastic registration * confocal microscopy
Kód oboru RIV: JD - Využití počítačů, robotika a její aplikace
Impakt faktor: 1.850, rok: 2009

A set of methods leading to volume reconstruction of biological specimens larger than the field of view of a confocal laser scanning microscope (CLSM) is presented. Large tissue specimens are cut into thin physical slices and volume data sets are captured from all studied physical slices by CLSM. Overlapping spatial tiles of the same physical slice are stitched in horizontal direction. Image volumes of successive physical slices are linked in axial direction by applying an elastic registration algorithm to compensate for deformations due to cutting the specimen. We present a method enabling us to keep true object morphology using a-priori information about the shape and size of the specimen, available from images of the cutting planes captured by a USB light microscope immediately before cutting the specimen by a microtome. The errors introduced by elastic registration are evaluated using a stereological point counting method and the Procrustes distance

Popisujeme soubor metod vedoucí k objemové rekonstrukci z konfokálních dat nasnímaných z velkých biologických preparátů. Objemovou rekonstrukci využíváme pro vizualizaci biologických preparátů, které jsou větší, než je velikost zorného pole a/nebo silnější v tloušťce než je hloubka průniku laserového paprsku konfokálního mikroskopu. Metody demonstrujeme rekonstrukcí střední části 17denního embrya laboratorní krysy
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0171560