Počet záznamů: 1  

Identifying stabilizing key residues in proteins using interresidue interaction energy matrix

  1. 1.
    0314780 - UOCHB-X 2009 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
    Biedermannová, Lada - Hobza, Pavel - Vondrášek, Jiří
    Identifying stabilizing key residues in proteins using interresidue interaction energy matrix.
    [Identifikace klíčových reziduí pro stabilizaci proteinu použitím matice interakční energie.]
    Proteins-Structure, Function and Bioinformatics. Roč. 72, č. 1 (2008), s. 402-413. ISSN 0887-3585
    Grant CEP: GA ČR GA203/05/0009; GA ČR GA203/06/1727; GA ČR(CZ) GD203/05/H001; GA MŠk LC512
    Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z40550506
    Klíčová slova: protein stabilisation * an-initio calculation * interaction energy
    Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
    Impakt faktor: 3.419, rok: 2008

    We are proposing an interresidue interaction energy map (IEM) – a new tool for protein structure analysis and protein bioinformatics. This approach employs the sum of pair-wise interaction energies of a particular residue as a measure of its structural importance. For the theoretical adjustment of the proposed method, we chose the Trp-cage mini protein as a model system to compare a spectrum of computational methods ranging from the ab initio MP2 level through the DFT method to empirical forcefield methods. The IEM method correctly identifies Tryptophane 6 as the key residue in the Trpcage. The other residues with the highest stabilizing contributions correspond to the structurally important positions in the protein.

    Navrhujeme využití interreziduální matice interakčních energií jako nástroj pro analýbu a bioinformatiku proteinů. Tato metoda využívá sumace párových interakcí dané aminokyseliny jako měřítka její strukturální důležitosti. Tento postup demonstrujeme na příkladu Trp-cage mini proteinu jako modelového sytému a srovnáváme různé druhy výpočetních metod. IEM metoda správně identifikovala tryptophane jako klíčové reziduum v tomto proteinu.
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0165177