Počet záznamů: 1  

Geometrical and electronic structure variability of the sugar-phosphate backbone in nucleic acids

  1. 1.
    0310366 - BFU-R 2009 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
    Svozil, Daniel - Šponer, Judit E. - Marchan, I. - Pérez, A. - Cheatham III., T.E. - Forti, F. - Luque, F.J. - Orözcö, M. - Šponer, Jiří
    Geometrical and electronic structure variability of the sugar-phosphate backbone in nucleic acids.
    [Geometrická a elektronická strukturní variabilita cukr-fosfátové páteře v nukleových kyselinách.]
    Journal of Physical Chemistry B. Roč. 112, č. 27 (2008), s. 8188-8197. ISSN 1520-6106
    Grant CEP: GA MŠk(CZ) LC512; GA AV ČR(CZ) IAA400550701; GA AV ČR(CZ) 1QS500040581
    Grant ostatní:GA AV ČR(CZ) IAA400040802
    Program:IA
    Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507; CEZ:AV0Z50040702; CEZ:AV0Z40550506
    Klíčová slova: molecular dynamics * force field * quantum chemistry
    Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
    Impakt faktor: 4.189, rok: 2008

    Quantum chemistry was used to describe alpha/gamma energetics and to access Amber force field parm99 and parmbsc0. This was tested on two models systems: SPM consisting of a sugar and methyl group linked through a phosphodiester bond and sPSOM consisting of two deoxyribose residues (without the bases) connected via a phosphodiester bond. A comparison of the ab initio data with the ff99 potential energy surface clearly reveals an incorrect ff99 force-field description in the regions where the gamma torsion is in the trans conformation.

    Kvantová chemie byla využita k popisu energetiky alfa/gama a k ohodnocení ambrovských silových polí parm99 a parmbsc0. Byly testovány dva modelové systémy: SPM sestávající z cukru a methylové skupina připojené přes fosfodiesterovou vazbu a SPSOM sestávající ze dvou deoxyribóz (bez bází) spojených přes fosfodiesterovou vazbu. Srovnání ab initio dat s potenciální energií silového pole parm99 jasně ukazuje, že parm99 nesprávně popisuje region, kde gama torze je v trans konformaci.
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0004693