0105405 - UPB-H 20043010 RIV CZ eng J - Journal Article
Oravecz, O. - Elhottová, Dana - Krištůfek, Václav - Šustr, Vladimír - Frouz, Jan - Tříska, Jan - Márialigeti, K.
Application of ARDRA and PLFA analysis in characterizing the bacterial communities of the food, gut and excrement of saprophagous larvae of Penthetria holosericea (Diptera: Bibionidae): a pilot study.
[Použití analýzy ARDRA a PLFA pro charakterizaci bakteriálního společenstva potravy, střeva a exkrementů saprofágní larvy Penthetria holosericea (Diptera: Bibionidae): pilotní studie.]
Folia Microbiologica. Roč. 49, č. 1 (2004), s. 83-93. ISSN 0015-5632. E-ISSN 1874-9356
R&D Projects: GA AV ČR IAB6066903; GA ČR GA526/99/P033
Institutional research plan: CEZ:AV0Z6066911
Keywords : ARDRA * PLFA analysis * bacterial community
Subject RIV: EH - Ecology, Behaviour
Impact factor: 1.034, year: 2004

Amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) was used to compare the bacterial communities of the food, the gut sections (ceca, anterior and posterior midgut, hindgut) and the excrement of the litter feeding bibionid larvae of Penthetria holosericea. For universal eubacterial primers ARDRA patterms were complex with only minor differences among samples. Taxon specific primers were also applied to characterize the samples. Fragment composition was transformed to presence/absence binary data and further analyzed. Cluster analysis revealed that bacterial communities of gut highly resembled each other with the exception of the ceca. ARDRA patterns of consumed leaves clustered together with the intact leaves but differed from those of the excrement. ARDRA results were compared with microbial community structure based on phospholipid fatty acid (PLFA) fingerprints. The cluster analysis of PLFA (presence/absence binary) data resulted in a pattern similar to the ARDRA data. The PCA analysis of PLFA relative content separated microbial communities into five groups: (1) anterior and posterior midgut, (2) hindgut, (3) ceca, (4) consumed and intact litter, (5) excrement. Both methods indicated that conditions in the larval gut result in formation of a specific microbial community which differs from both the food and excrement ones. Particularly ceca - (blind appendages, harbor very specific microbial community) are divided from the rest of the gut by perithropic membrane.

Restrikční analýza amplifikované ribosomální DNA (ARDRA) byla použita pro kvalitativní srovnání bakteriálního společenstva potravy, oddílů střeva a exkrementů saprofágní larvy Penthetria holosericea. Při použití univerzálních eubakteriálních primerů byl získán komplexní ARDRA profil s minimálními rozdíly mezi vzorky. Dále byly použity primery specifické pro taxony. Zastoupení fragmentů DNA bylo transformováno do podoby binárních dat (přítomnost/absence fragmentu) a porovnáno klastrovou analýzou. Bakteriální společenstva analyzovaných úseků střeva vykazovala silnou podobnost s výjimkou slepého oddílu (caecum). Konsumovaný i intaktní opad měl shodný ARDRA profil lišící se od profilu exkrementů. Analýza fosfolipidických mastných kyselin (PLFA) rozdělila bakteriální společenstva analyzovaných vzorků na základě podobnosti PLFA profilů do pěti skupin: (1) přední a zadní část středního úseku střeva, (2) zadní úsek střeva, (3) caecum, (4) konsumovaný a intaktní opad, (5) exkrementy. Obě metody naznačily, že podmínky ve střevě vedou k rozvoji specifického mikrobiálního společenstva lišícího se jak od společenstva potravy tak exkrementů.
Permanent Link: http://hdl.handle.net/11104/0012648