0104648 - BFU-R 20043030 RIV GB eng J - Článek v odborném periodiku
Hanzálek, Petr - Kypr, Jaroslav
DNA in phosphorus atom representation: the heteronomous double helices of poly(dA)poly(dT) and poly(dG)poly(dC) and simulation of the yeast genome and of a human chromosome DNA.
[DNA v reprezentaci fosforových atomů: heteronomní dvoušroubovice poly(dA)poly(dT) a poly(dG)poly(dC) a simulace genomu kvasinky a DNA lidského chromozómu.]
Journal of Theoretical Biology. Roč. 232, č. 1 (2005), s. 83-91. ISSN 0022-5193. E-ISSN 1095-8541
Grant CEP: GA AV ČR IAA1004201
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z50040507
Klíčová slova: DNA crystal structures * phosphorus atom representation * tertiary structures
Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
Impakt faktor: 1.959, rok: 2005

We extracted phosphorus atom coordinates from the database of DNA crystal structures and calculated geometrical parameters needed to reproduce the crystal structures in the phosphorus atom representation. Using the geometrical parameters we wrote a piece of software assigning the phosphorus atom coordinates to the DNA of any nucleotide sequence. The software demonstrates non-negligible influence of the primary structure on DNA helicity, which may stand behind the heteromonous double helices of poly(dA)·poly(dT) and poly(dG)·poly(dC). In addition, the software is so simple that it makes possible to simulate the "crystal" structures of not only viral DNAs, but also the whole genome of Saccharomyces cerevisiae as well as the DNA human chromosome 22 having dozens of megabases in length.

Z databáze krystalových struktur DNA jsme vybrali souřadnice fosforových atomů a vypočetli jsme z nich geometrické parametry, které jsou potřebné pro reprodukci krystalových struktur v reprezentaci fosforových atomů. S využitím těchto parametrů jsme napsali software přiřazující souřadnice fosforových atomů DNA obsahující jakoukoli posloupnost nukleotidů. Tento software ukazuje na nezanedbatelný vliv primární struktury na helicitu DNA, který asi způsobuje heteronomnost dvoušroubovic poly(dA)poly(dT) a poly(dG)poly(dC). Navíc software je tak jednoduchý, že umožňuje simulovat „krystalové“ struktury nejen virových DNA, ale také celého genomu kvasinky a DNA lidského chromozómu 22, která má délku několika desítek megabází.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0011914