Počet záznamů: 1  

Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops: Advances and force field limitations

  1. 1.
    0104620 - BFU-R 20043002 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
    Fadrná, E. - Špačková, Naďa - Štefl, R. - Koča, J. - Cheatham III, T. E. - Šponer, Jiří
    Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops: Advances and force field limitations.
    [Simulace smyček guaninových kvadruplexů pomocí molekulové dynamiky: pokroky a omezení silových polí.]
    Biophysical Journal. Roč. 87, č. 1 (2004), s. 227-242. ISSN 0006-3495. E-ISSN 1542-0086
    Grant CEP: GA MŠk LN00A016
    Grant ostatní: Wellcome Trust(GB) GR067507MF
    Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z5004920
    Klíčová slova: quanine quadruplex * four-thymidine loop * locally enhanced sampling
    Kód oboru RIV: BO - Biofyzika
    Impakt faktor: 4.585, rok: 2004

    A computational analysis of d(GGGGTTTTGGGG)2 guanine quadruplexes containing either lateral or diagonal four-thymidine loops was carried out using MD simulations in explicit solvent, LES simulations, systematic conformational search, and MM-PBSA calculations with explicit inclusion of monovalent cations. The study provides a qualitatively complete analysis of the available loop conformational space.

    Počítačová analýza guaninových kvadruplexů d(GGGGTTTTGGGG)2 obsahujících jak laterální, tak diagonální čtyřtyminové smyčky, byla provedena pomocí MD simulací v přítomnosti explicitního solventu, LES simulací, systematického konformačního prohledávání a MM-PBSA výpočtů se zahrnutím monovalentních iontů. Studie poskytla kvalitativně kompletní analýzu dostupného konformačního prostoru smyček.
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0011886

     
     
Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.