0101036 - UFCH-W 20040027 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
Sychrovský, Vladimír - Šponer, Jiří - Hobza, Pavel
Theoretical Calculation of the NMR Spin-Spin Coupling Constants and the NMR Shifts Allow Distinguishability between the Specific Direct and the Water-Mediated Binding of a Divalent Metal Cation to Guanine.
[Teoretický výpočet NMR spin-spin interakčních konstant a NMR posunů dovoluje rozlišit mezi specificky přímou a vodou zprostředkovanou vazbou dvojmocného kovového kationtu ke guaninu.]
Journal of the American Chemical Society. Roč. 126, č. 2 (2004), s. 663-672. ISSN 0002-7863. E-ISSN 1520-5126
Grant CEP: GA MŠMT LN00A032
Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z4040901
Klíčová slova: nuclear-magnetic-resonance * ion binding * base-pairs
Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
Impakt faktor: 6.903, rok: 2004

The calculated intermolecular and intramolecular indirect NMR spin-spin coupling constants and NMR shifts were used for the discrimination between the inner-shell and the outer-shell binding motif of hydrated divalent cations Mg2+ or Zn2+ with a guanine base. The intermolecular coupling constants (1)J(X, O6) and (1)J(X, N7) (X = Mg2+, Zn2+) can be unambiguously assigned to the specific inner-shell binding motif of the hydrated cation either with oxygen O6 or with nitrogen N7 of guanine. The calculated coupling constants (1)J(Mg, O6) and (1)J(Zn, O6) were 6.2 and -17.5 Hz, respectively, for the inner-shell complex of cation directly interacting with oxygen O6 of guanine. For the inner-shell coordination of the cation at nitrogen N7 the calculated coupling constants (1)J(Mg,N7) and (1)J(Zn,N7) were 5.6 and -36.5 Hz, respectively. When the binding of the cation is water-mediated, the coupling constant is zero. To obtain reliable shifts in NMR parameters, hydrated guanine was utilized.

Vypočítané intermolekulární a intramolekulární nepřímé NMR spin-spin interakční konstanty a NMR posuny byly použity pro rozlišení motivu vazby pomocí vnitřní a vnější elektronové slupky hydratovaných dvojmocných kationů Mg2+ a Zn2+ s guaninovou bází. Intermolekulární interakční konstanty (1) J (X, O6) a (1) J (X, N7) (X=Mg2+, Zn2+) mohou být jednoznačně přiřazeny specifickému motivu vazby kationu vnitřní slupkou hydratovaného buďto s kyslíkem O6 nebo s dusíkem N7 guaninu. Vypočítané interakční konstanty (1) J (Mg,O6) a (1) J (Zn,O6) byly 6,2 a -17,5 Hz pro komplex vnitřní slupky kationtu přímo interagujícího s kyslíkem O6 guaninu. Pro koordinaci kationtu vnitřní slupkou k dusíku N7 měly vypočítané interakční konstanty (1) J (Mg,N7) a (1) J (Zn,N7) hodnotu 5,6 a -36,5 Hz. Pro vazbu kationtu zprostředkovanou vodou je interakční konstanta nula. K získání spolehlivých posunů NMR parametrů bylo použito hydratovaného guaninu.
Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0008508