Počet záznamů: 1  

True Stabilization Energies for the Optimal Planar Hydrogen-Bonded and Stacked Structures of GuanineĎCytosine, AdenineĎThymine and Their 9- and 1-Methyl Derivatives: Complete Basis Set Calculations at the MP2 and CCSD(T) Levels and Comparison with Experiment

  1. 1.
    0100821 - UFCH-W 20040116 RIV US eng J - Článek v odborném periodiku
    Jurečka, Petr - Hobza, Pavel
    True Stabilization Energies for the Optimal Planar Hydrogen-Bonded and Stacked Structures of GuanineĎCytosine, AdenineĎThymine and Their 9- and 1-Methyl Derivatives: Complete Basis Set Calculations at the MP2 and CCSD(T) Levels and Comparison with Experiment.
    [Skutečné stabilizační energie optimálních planárních vodíkem vázaných patrových struktur guanin…cytosinu, adenin…thyminu a jejich 9- a 1- metyl derivátů: Výpočty kompletní sady bází na úrovni MP2 a CCSD (T) a srovnání s experimentem.]
    Journal of the American Chemical Society. Roč. 125, č. 50 (2003), s. 15608-15613. ISSN 0002-7863. E-ISSN 1520-5126
    Grant CEP: GA MŠk LN00A032
    Výzkumný záměr: CEZ:AV0Z4040901
    Klíčová slova: H-bonded * guanine * cytosine
    Kód oboru RIV: CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
    Impakt faktor: 6.516, rok: 2003

    Planar H-bonded and stacked structures of guanineĎcytosine (GĎC), adenineĎthymine (AĎT), 9-methylguanineĎ1-methylcytosine (mGĎmC) and 9-methyladenineĎ1-methylthymine (mAĎmT) were optimized at the RI-MP2 level using the TZVPP ([5s3p2d1f/3s2p1d]) basis set. Planar H-bonded structures of GĎC, mGĎmC and AĎT correspond to the Watson-Crick (WC) arrangement, in contrast to mAĎmT for which the Hoogsteen (H) structure is found. Stabilization energies for all structures were determined as the sum of the complete basis set limit of MP2 energies and a (.DELTA.ECCSD(T) - .DELTA.EMP2) correction term evaluated with the cc-pVDZ(0.25, 0.15) basis set. The complete basis set limit of MP2 energies was determined by two-point extrapolation using the aug-cc-pVXZ basis sets for X=D and T, and T and Q. This procedure is required since the convergency of the MP2 interaction energy for the present complexes is rather slow and it is thus important to include the extrapolation to the complete basis set limit.

    Planární a vodíkem vázané a patrové struktury guanin…cytosinu (G…C), adenin…thyminu (A…T), 9-metylguanin… 1- metylcitosinu (mG…mC) a 9- metyladenin… 1- metylthyminu (mA…mT) byly optimalizovány na RI – MP2 úrovni za požití sady bází TZVPP ([5s3p2d1f/3s2p1d]). Planární vodíkem vázané struktury G…C, mG…mC a A…T odpovídají Watsonovu-Crickovu uspořádání, na rozdíl od mA…mT se strukturou podle Hoogsteena. Stabilizační energie pro všechny struktury byly stanoveny jako součet limitů kompletní sady bází MP2 energií a korekčního členu. (.DELTA. ECCSDCT) - .DELTA. EMP2) vypočítaného pomocí sady bází cc-pVDZ (0,25, 0,15). Limit kompletní sady bází MP2 energií byl určen dvoubodovou extrapolací za použití aug-cc-pVXZ sad bází pro X=D a T, a T a Q. Tato procedura je nezbytná, protože MP2 interakční energie daných komplexů konverguje dosti pomalu a je proto důležité zahrnout extrapolaci k limitu kompletní sady bází.
    Trvalý link: http://hdl.handle.net/11104/0008307

     
     
Počet záznamů: 1  

  Tyto stránky využívají soubory cookies, které usnadňují jejich prohlížení. Další informace o tom jak používáme cookies.